フレックスタイム制の勤怠管理方法

フレックスタイム制における勤怠管理の基本構造

フレックスタイム制は、従業員が主体的に働く時間をコントロールできる柔軟な制度ですが、その分、従来の固定時間制とは異なる勤怠管理の知識が求められます。管理担当者がまず理解しておくべき、制度の基本構造と時間帯の考え方について解説します。

始業・終業を従業員に委ねる仕組み

フレックスタイム制の最大の特徴は、一定の期間内で決められた総労働時間の範囲内であれば、その日の始業・終業時刻を従業員自身の決定に委ねる点にあります。これにより、業務の繁閑やプライベートの予定に合わせて、日々の労働時間を調整することが可能になります。

この制度を運用する際、一般的に1日の労働時間は以下の2つの時間帯に区分されます。

• コアタイム：1日のうちで必ず勤務しなければならない時間帯
• フレキシブルタイム：いつ出退勤してもよい自由な時間帯

コアタイムを設けることで、会議やチーム業務の連携がスムーズになります。一方で、コアタイムを全く設けない「スーパーフレックスタイム制」も存在し、より自由度の高い働き方として導入する企業も増えています。自社の業務内容に合わせて、適切な時間帯区分を設定することが勤怠管理の第一歩です。

労働時間の判定基準となる「清算期間」と「総労働時間」

通常の労働時間制では「1日8時間」を超えたかどうかが残業の基準となりますが、フレックスタイム制では考え方が異なります。勤怠管理の単位となるのは、「清算期間」と呼ばれる一定期間（通常1ヶ月、最長3ヶ月）です。

企業は、この清算期間全体で労働者が働くべき時間である「総労働時間（所定労働時間）」をあらかじめ定めます。従業員は、期間内の実労働時間の合計がこの総労働時間を満たすように、日々の勤務時間を調整します。

したがって、ある1日の労働時間が短くても、別の日に長く働くことで帳尻を合わせれば、遅刻や早退といった控除の対象にはなりません。管理者は「日々の遅刻・残業」ではなく、「期間トータルでの過不足」に注視してマネジメントを行う必要があります。

勤怠管理システム55社比較！
課題別おすすめ3選を見る

時間外労働（残業）の判定と計算ルール

フレックスタイム制を導入した際、給与計算担当者が最も注意しなければならないのが「時間外労働（残業）」の扱いです。従来の労働時間制とは判定基準が大きく異なるため、正しいルールを理解しておく必要があります。

1日8時間ではなく「清算期間の法定総枠」で判定する

通常の労働時間制度では「1日8時間、週40時間」を超えた時間が残業となります。しかし、フレックスタイム制では、特定の日や週に法定労働時間を超えて働いても、直ちに割増賃金が発生するわけではありません。

フレックスタイム制における時間外労働は、「清算期間における総労働時間が、法定労働時間の総枠を超えたかどうか」で判定します。つまり、ある日に10時間働いたとしても、別の日で調整し、期間全体の実労働時間が法定の範囲内に収まっていれば、法的な時間外労働には該当しないのです。

法定労働時間の総枠計算式と上限時間リスト

では、残業発生のラインとなる「法定労働時間の総枠」はどのように算出するのでしょうか。これは、週平均40時間制を採用している場合、以下の計算式で求められます。

【法定労働時間の総枠の計算式】
清算期間の暦日数 ÷ 7日間 × 40時間

この計算式に基づき、清算期間（1ヶ月）の暦日数ごとの上限時間をまとめると以下のようになります。実務上は、この時間を基準に勤怠を管理します。

• 31日（1,3,5,7,8,10,12月）
  法定労働時間の総枠：177.1時間
• 30日（4,6,9,11月）
  法定労働時間の総枠：171.4時間
• 29日（うるう年の2月）
  法定労働時間の総枠：165.7時間
• 28日（平年の2月）
  法定労働時間の総枠：160.0時間

※特例措置対象事業場（週44時間適用）の場合は、上記「40時間」を「44時間」に置き換えて計算します。

実労働時間が総労働時間を「超過」した場合の割増賃金

清算期間が終了した時点で、従業員の実労働時間が「会社が定めた所定労働時間」を超えていた場合、その超過分は以下の2種類に分けて処理します。

• 法定内残業（所定労働時間は超えているが、法定総枠の範囲内）
  → 時間あたりの賃金を支払えばよく、必ずしも割増賃金（×1.25）である必要はありません（就業規則の定めに従います）。
• 法定外残業（法定労働時間の総枠を超えている）
  → 法定の基準を超えた労働となるため、法律上必ず割増賃金（×1.25以上）の支払いが必要です。

原則として、フレックスタイム制では月内で残業代を清算する必要があり、残業時間を翌月に繰り越すことはできません。超過した時間分は、その月の給与として確実に支払う必要があります。

労働時間が「不足」した場合の取り扱いと清算方法

フレックスタイム制では、従業員の都合で早く帰宅したり、休みを多く取ったりすることで、清算期間の実労働時間が、会社と定めた総労働時間に届かないケースが発生します。この「不足時間」の処理には、大きく分けて2つの方法があります。

不足分を当月の賃金から控除（欠勤扱い）する場合

1つ目は、不足した時間分を「ノーワーク・ノーペイの原則」に基づき、その月の給与から差し引く（控除する）方法です。

例えば、総労働時間が160時間の月に、実働が155時間だった場合、不足する5時間分の賃金をカットして支給します。これは通常の欠勤控除と同じ考え方であり、勤怠管理システム上でも比較的シンプルに処理できるため、多くの企業で採用されています。

この場合、不足時間はその月でリセットされるため、翌月以降の労働時間や給与計算に影響を及ぼすことはありません。

不足時間を翌月の総労働時間に加算して清算する場合

2つ目は、不足した時間を給与から引かず、翌月の総労働時間に上乗せして働いてもらうことで清算する方法です。

例えば、当月に5時間不足した場合、満額の給与を支払う代わりに、翌月の総労働時間に5時間をプラスします。従業員にとっては給与が減らないメリットがありますが、翌月の労働負荷が高くなる点に注意が必要です。

この運用を行う際の重要な注意点として、以下の2点があります。

• 残業（過剰時間）の繰り越しは禁止：不足時間の繰り越しは認められていますが、逆に働きすぎた時間を翌月の休みに充てるような繰り越しは違法となります。
• 法定労働時間の総枠内であること：繰り越した結果、翌月の労働時間が法定労働時間の総枠を超えた場合は、その超えた部分に対して割増賃金の支払いが必要になります。

導入・運用のために定めるべき規定と労使協定

フレックスタイム制は、単に「明日から自由に働いていいよ」と宣言するだけでは導入できません。法的な効力を持たせ、トラブルを防ぐために、就業規則の改定と労使協定の締結という2つの手続きが必須となります。

就業規則への規定と労使協定で定めるべき必須事項

まず、就業規則に「始業および終業の時刻を労働者の決定に委ねる」という旨を明記する必要があります。これがフレックスタイム制導入の絶対条件です。

次に、労使協定において以下の事項を定めます。清算期間が1ヶ月以内の場合は労働基準監督署への届出は不要ですが、1ヶ月を超える期間（最大3ヶ月）で設定する場合は届出が義務付けられています。

• 対象となる労働者の範囲（全社員か、特定の部署かなど）
• 清算期間（1ヶ月間など、労働時間を集計する期間）
• 清算期間における総労働時間（契約上の所定労働時間）
• 標準となる1日の労働時間（後述）
• コアタイム・フレキシブルタイム（任意設定項目）

有給休暇を取得した際の「標準となる1日の労働時間」

日によって労働時間が異なるフレックスタイム制では、「1日休んだら何時間働いたことになるのか」という基準が必要です。そのために定めるのが「標準となる1日の労働時間」です。

例えば、ここを「8時間」と設定しておけば、有給休暇を1日取得した際に「8時間労働した」ものとして実労働時間に加算します。この設定が曖昧だと、有給を取ったのに総労働時間が不足し、給与が控除されるといったトラブルになりかねないため、必ず協定で数値を明確にしておきましょう。

完全週休2日制における「労使協定の特例」とは

完全週休2日制（土日休みなど）の企業では、曜日配列によっては「所定労働日数 × 8時間」の合計が、法律上の「労働時間の総枠（週平均40時間）」を超えてしまう月が発生することがあります。

通常であれば違法となりますが、労使協定を結ぶことで、「所定労働日数 × 8時間」までは法定労働時間の総枠を超えても適法とする特例が認められています。

例えば、31日ある月（法定総枠177.1時間）に、土日が8回あり労働日が23日の場合、「23日×8時間＝184時間」となります。本来は法定枠オーバーですが、この特例を適用することで、184時間までは残業代なしの所定労働時間として設定可能になります。カレンダー通りの勤務体系をとる企業では非常に重要な運用ルールです。

複雑な勤怠管理を効率化するためのポイント

フレックスタイム制は従業員満足度が高い反面、管理者にとっては計算業務が煩雑になりがちです。法令遵守と効率化を両立させるために、運用面で押さえておくべきポイントを解説します。

把握義務は変わらない？客観的な記録の重要性

「始業・終業を従業員に委ねる」といっても、企業が労働時間を把握しなくて良いわけではありません。労働安全衛生法により、企業は「客観的な方法による労働時間の把握」が義務付けられています。

自己申告制や手書きの出勤簿では、実際の労働時間と記録に乖離が生じやすく、後々の未払い残業代トラブルに発展するリスクがあります。フレックスタイム制であっても、ICカードやタイムレコーダーなどを用いて、いつ出社し、いつ退社したかを客観的なデータとして記録・保存する体制が不可欠です。

勤怠管理システム導入が推奨される理由と選び方

フレックスタイム制の管理をExcelなどの手作業で行うのは、計算ミスや確認漏れの温床となります。以下の理由から、専用の勤怠管理システムの導入が推奨されます。

• 複雑な残業計算の自動化：法定労働時間の総枠を超えた「法定外残業」と、会社独自の「法定内残業」を自動で判別し、給与計算ミスを防げます。
• 過不足時間のリアルタイム可視化：月末を待たずに「今月あと何時間働けばいいか（あるいは働きすぎか）」が本人と管理者の双方で確認でき、調整が容易になります。
• 打刻漏れの防止：出退勤時間がバラバラになるため発生しやすい打刻漏れに対し、アラート機能などで気付きを与えられます。

システムを選ぶ際は、「コアタイム・フレキシブルタイムの設定柔軟性」や「不足時間の自動繰り越し機能」など、自社の規定に合った運用が可能かどうかを事前に確認しましょう。

まとめ：管理の「自動化」が、自律的な組織文化を育てる

本記事では、フレックスタイム制における勤怠管理の複雑なルールや、導入時の注意点について解説してきました。最後に、制度を成功させるための本質的なポイントをお伝えします。

管理担当者が目指すべきは、完璧な手計算を行うことではなく、「従業員が自分の持ち時間を把握し、コントロールできる環境」を整えることです。勤怠管理システムなどのツールを用いて計算業務を自動化することは、管理者の負担を減らすだけでなく、従業員自身が働き方を振り返るきっかけを作ることにも繋がります。

「時間は管理するもの」から「成果を出すための資源」へ。正確かつ効率的な勤怠管理の仕組みを構築し、形式上の制度導入ではなく、組織の文化としてフレックスタイム制を定着させていきましょう。